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藥物化學(xué)論文投稿問題思考

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藥物化學(xué)論文投稿問題思考

一、資料與方法

選取ChineseChemicalLetters期刊2015—2017年藥物化學(xué)專業(yè)稿件中退稿(或大修)稿件328篇。根據(jù)審稿專家意見、副主編意見和編輯專業(yè)知識,按照退稿原因進行分類和分析,歸納總結(jié)并提出具體建議和措施。

二、問題與分析

(一)摘要(Abstract)的信息量不全

摘要的內(nèi)容是全文的核心內(nèi)容,在文獻檢索中起著十分重要的作用。摘要應(yīng)該具有獨立性和自明性,并且具有與論文同等量的主要信息,即不閱讀全文,就能獲得必要的信息[2,3]。但是有些論文的摘要不能體現(xiàn)全文的主要內(nèi)容,信息量偏少,要素不全,論述方法或結(jié)果太籠統(tǒng)。一般情況下,摘要由目的(Objective)、方法(Methods)、結(jié)果(Results)與結(jié)論(Conclusions)四部分組成,各部分應(yīng)該具體明確,并且應(yīng)該給出主要的實驗結(jié)果和結(jié)論。

(二)引言(Introduction)部分的設(shè)計思路不明確、重點不突出

引言部分要求重點突出,避免空泛,通過研究相關(guān)文獻后直接引出需要解決的問題[3]。如何指出當(dāng)前研究的不足并有目的地引導(dǎo)出自己研究的重要性是引言寫作的一個難點和重點。引言的撰寫要有一定的邏輯性,并且不能出現(xiàn)較多語法錯誤。引言一般應(yīng)該與結(jié)論相呼應(yīng),在引言中提出的問題,在結(jié)論中應(yīng)有解答或討論說明。如果作者未能在論文的引言部分就其分子設(shè)計思想提出有說服力的依據(jù)(例如藥效團的拼合并非隨意組合等),并且對母體藥物的結(jié)構(gòu)活性關(guān)系(SAR)沒有給出必要的說明,給讀者的印象是拼合片段的選擇存在隨意性,這樣就會降低審稿專家對論文創(chuàng)新性的評價。其次,在生物活性篩選中雖然發(fā)現(xiàn)了一些與陽性對照藥物作用強度相近的新化合物,但是作者對這些新化合物的優(yōu)勢或潛在優(yōu)勢沒有提出有說服力的觀點。文章的結(jié)論僅限于對實驗結(jié)果的一般性概括,不能體現(xiàn)論文實驗結(jié)果的重要性;另外,如果論文的英文寫作語法錯誤還較多,這樣的稿件一定會被退稿。例如有一篇抗菌藥物合成的論文,審稿人提出:(1)在設(shè)計思路上,作者采用片段拼合方法設(shè)計新化合物,依據(jù)不充分。建議作者在分析具有明確抗菌活性化合物藥效團基礎(chǔ)上,采用結(jié)構(gòu)多樣的片段與藥效團接合,獲得新化合物。(2)英文撰寫需要修改,過多重復(fù),并且存在很多語法錯誤。再例如對于4-苯氨基喹唑啉類激酶抑制劑的報道已經(jīng)很多,如果還是利用該骨架進行衍生合成新化合物,關(guān)鍵是要能做出自己的特色。如果對于化合物的設(shè)計思想并沒有給出充分的理由,對于取代基的性質(zhì)和種類也沒有進行詳細的研究,這樣的論文會讓審稿專家和讀者感覺化合物設(shè)計比較盲目,沒有創(chuàng)新的設(shè)計思路。如果根據(jù)母藥或已有藥物(leadcompound)設(shè)計新化合物,設(shè)計思想要有事實依據(jù),指出候選藥物的不足要有文獻或數(shù)據(jù)支持,不能猜想,不然審稿人就會認(rèn)為設(shè)計思想的基礎(chǔ)不可靠。如果發(fā)現(xiàn)化合物體外(體內(nèi))活性與化合物結(jié)構(gòu)不符一定要分析具體原因,否則審稿人也會提出疑問。最終設(shè)計的化合物要向著活性更好的化合物結(jié)構(gòu)靠近。

(三)結(jié)果與討論(ResultsandDiscussion)部分

結(jié)果與討論部分是一篇論文的核心內(nèi)容,其創(chuàng)新結(jié)果的體現(xiàn)就在此部分[7]。結(jié)果歸納總結(jié)時不能簡單羅列實驗數(shù)據(jù),討論部分要對結(jié)果進行分析、總結(jié)和提煉,要根據(jù)一定的理論基礎(chǔ)進行論述,而不是簡單重復(fù)實驗結(jié)果。這部分存在的問題歸納如下。

1.合成的化合物數(shù)量少或者結(jié)構(gòu)單一,無法給出明確SAR。在藥物化學(xué)論文中,如果化合物的設(shè)計思想較簡單,化合物結(jié)構(gòu)類型單一,或者合成的化合物活性不強,這樣的稿件就很容易被退稿。如果化合物數(shù)量和類型足夠多,討論中要對SAR進行深入討論,給出比較明確的SAR關(guān)系,這將對后續(xù)相關(guān)藥物的研究和結(jié)構(gòu)設(shè)計有很大指導(dǎo)作用。下面結(jié)合稿件中容易出現(xiàn)的問題及評審專家對一些稿件的評審意見具體分析如下。例如一篇文章設(shè)計合成了6-Aryloxyoxazolo[5,4-d]pyrimidi-7(6H)-ones系列化合物,雖然在100μg/mL水平上測定了其真菌抑制率,但是并沒有進行結(jié)構(gòu)活性關(guān)系研究,給出的只是初步實驗結(jié)果,審稿專家建議作者進一步進行SAR研究后,優(yōu)化設(shè)計新一輪化合物并測定生物活性后重新投稿。有的論文雖然合成的化合物數(shù)量足夠多,但是化合物設(shè)計方面還有需要進一步完善的地方。例如一篇關(guān)于抗HIV活性化合物的論文,審稿專家給出了這樣的評價:“本文最大的亮點是甲基的引入,主要設(shè)計思想是形成新的范德華作用力,這一發(fā)現(xiàn)對該類NNRTI的結(jié)構(gòu)設(shè)計具有重要研究價值。但是本文有以下幾點可完善之處:(1)對耐藥株的高活性是先導(dǎo)物GW878248的一個突出的優(yōu)點。本文中的化合物是否仍保留了該類化合物對耐藥株的較高活性?亦即新增加的甲基是否會影響化合物構(gòu)象的柔性從而影響其對耐藥株RT結(jié)合口袋的適應(yīng)性?建議增加相關(guān)分子對接的證據(jù)或?qū)δ退幹甑幕钚詳?shù)據(jù),以便于討論。(2)先導(dǎo)物C環(huán)上有一個甲基,主要設(shè)計意圖為阻斷酰胺的代謝。而本文系列化合物中沒有保留該甲基,但是又沒有說明具體原因。另外,Linker上的甲基是否也有這一考慮,建議一并進行說明。”有些論文合成的化合物比較多,但是總結(jié)的結(jié)構(gòu)活性關(guān)系仍然不夠完整,主要原因是對不同取代基的考察不夠深入。例如對一篇關(guān)于激酶抑制劑論文審稿專家建議:R2的取代基不只局限于Cl、F,還要考察氰基、甲氧基、乙酰氨基、甲基、三氟甲基等,除非作者能夠說明前者的必要性;希望R1取代基也能增加2-F,3-F;另外,建議補充所有未測定活性化合物的PI3Kγ酶活性,并以酶活性的結(jié)構(gòu)討論SAR關(guān)系。

2.新化合物沒有13CNMR譜數(shù)據(jù)。目前合成的新化合物審稿專家一般要求給出13CNMR譜數(shù)據(jù),因為只有1HNMR數(shù)據(jù)不能完全證明結(jié)構(gòu)的正確性。另外還需要給出高分辨質(zhì)譜(HRMS)數(shù)據(jù),這些譜學(xué)數(shù)據(jù)結(jié)合化合物常規(guī)的形態(tài)、熔點和紅外光譜數(shù)據(jù)才可以證明化合物結(jié)構(gòu)的正確性。如果化合物具有旋光性,其光學(xué)異構(gòu)體的結(jié)構(gòu)也要用基于手性試劑化學(xué)反應(yīng)和核磁共振(NMR)的Mosher法、光譜法(如圓二色譜)等相應(yīng)的方法確定[14]。例如對一篇藥物合成論文的目標(biāo)化合物合成及結(jié)構(gòu)確證方面,審稿專家提出如下意見:文章利用獨一味素(lamiophlomiol)A/B的混合物在濃鹽酸催化下與醇類化合物縮合得到相應(yīng)C1位醚類化合物,但從作者在附件材料(Supportinginformation)中所提供的結(jié)構(gòu)表征數(shù)據(jù)尚不足以確證C1位醚基的構(gòu)型,C6位形成的羥基構(gòu)型也是存在疑問的?作者有何證據(jù)證明C6羥基朝平面上方?6,7-位環(huán)氧基在濃鹽酸中開環(huán)是否可能在C6位氯代?根據(jù)作者所提供的一維1HNMR和13CNMR數(shù)據(jù)尚不能確定目標(biāo)物的結(jié)構(gòu)以及取代基的構(gòu)型。因此,本文目標(biāo)物的結(jié)構(gòu)尚存在一些疑問。另外,結(jié)構(gòu)表征數(shù)據(jù)也不完整,缺少比旋度及熔點數(shù)據(jù)。

3.藥物活性測試時無對照品或?qū)φ掌凡缓线m。如果藥物化學(xué)論文中化學(xué)合成部分沒有太多亮點,并且合成的化合物生物活性較低,這樣的稿件在初審時就會被退稿。合成的新化合物要有明顯的生物活性(IC50值,EC50值等)。生物活性實驗時,每個化合物濃度至少平行做三遍,這樣才能得到測量的平均值并給出測量值的標(biāo)準(zhǔn)偏差(SD)。另外,很關(guān)鍵的一點是化合物的生物活性測試時一定要有對照品,并且要選擇適合其研究內(nèi)容的對照品。例如一篇關(guān)于抗轉(zhuǎn)錄病毒化合物的論文審稿專家給出了這樣的審稿意見:這篇稿件合成了一系列2,2-dimethyl-1,3-dioxolane衍生物并評價了它們抑制人類鼻病毒3C蛋白酶的活性。整篇稿件既沒有解決有趣的化學(xué)問題,也沒有提出創(chuàng)新的方法設(shè)計抗轉(zhuǎn)錄病毒藥物。化合物活性實驗結(jié)果顯示只有化合物7d顯示出一定活性(IC50=13.22µmol/L),但是并沒有對照藥品的活性數(shù)據(jù)。其次,該稿件的模型研究顯得非常膚淺并且沒有給化合物的結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程提供可靠的支持。除了必須有合適的對照品外,生物活性評價時選擇的評價方法也要根據(jù)化合物的研究內(nèi)容選擇合適的生物活性評價方法,保證對化合物的評價準(zhǔn)確、可靠。例如審稿專家對一篇稿件的生物活性評價提出了如下建議:生物活性評價部分,建議采用直接針對EGFR的分子水平的評價方法,以排除化合物對細胞毒性、膜通透性等復(fù)雜因素造成的假陽性現(xiàn)象。另一篇關(guān)于黃酮類衍生物氧釩配合物的抗糖尿病研究的論文,審稿人指出雖然合成了許多化合物,但是化合物結(jié)構(gòu)單一,另外建議在體內(nèi)生物活性測試時要增加陽性的II型糖尿病藥物同時測定,確保生物活性測試更加完整、準(zhǔn)確。具有抗腫瘤藥物活性的化合物作為抗菌藥物研究時,有的審稿專家認(rèn)為合成的化合物不僅要測定抑制格蘭仕陽性菌(gram-positivebacterialstrain)的活性,還要測定抑制格蘭仕陰性菌(gram-negativebacterialstrain)的活性。另外還要排除化合物本身的細胞毒性對抗菌活性的影響。

4.從天然產(chǎn)物中分離的新化合物結(jié)構(gòu)新穎性及絕對構(gòu)型問題。從天然產(chǎn)物中分離得到的新化合物結(jié)構(gòu)要新穎,并且要確定化合物的絕對構(gòu)型。化合物的絕對構(gòu)型最好通過電子圓二色譜(ECD),X-衍射,或者基于手性試劑化學(xué)反應(yīng)和核磁共振(NMR)的Mosher法等確定絕對構(gòu)型[14]。另外,所分離的新化合物要有一定的生物活性(抗癌、抗菌、抗炎等等)。如果從天然產(chǎn)物中分離得到的新化合物的結(jié)構(gòu)類似化合物在天然產(chǎn)物研究中已經(jīng)報道,新化合物結(jié)構(gòu)的新穎性一般,結(jié)構(gòu)鑒定的難度不大,就不能滿足高水平化學(xué)期刊對天然產(chǎn)物化合物論文的要求。其次,從天然產(chǎn)物中分離得到的新化合物一定要確定絕對構(gòu)型,否則這樣的天然產(chǎn)物論文也很難被接受。最后,如果對新化合物未進行任何生物活性篩選評價,其潛在應(yīng)用價值就無法體現(xiàn),那么對讀者和后續(xù)研究的吸引力就不足,這樣的論文也會被退稿。

三、結(jié)論與建議

通過上面的實例歸納和分析,我們認(rèn)為一篇優(yōu)秀的藥物化學(xué)論文的摘要應(yīng)該具有獨立性和自明性,具有與論文同等量的主要信息,要給出主要的實驗結(jié)果和結(jié)論。引言部分一定要重點突出,通過研究相關(guān)文獻后直接引出需要解決的問題。在引言中提出的問題,在結(jié)論中應(yīng)該有解答或討論說明。藥物化學(xué)論文中合成的化合物要有一定的數(shù)量和結(jié)構(gòu)多樣性,這樣才能總結(jié)出明確的結(jié)構(gòu)活性關(guān)系(SAR)。其次,新化合物要提供13CNMR譜學(xué)數(shù)據(jù)及其他相關(guān)譜學(xué)數(shù)據(jù),以確保合成的化合物結(jié)構(gòu)正確。化合物的活性測試時要選擇合適的對照品和選擇適合的生物活性測試方法,以排除干擾,保證活性實驗結(jié)果準(zhǔn)確、可靠。從天然產(chǎn)物中分離得到的新化合物結(jié)構(gòu)要有一定的新穎性,其絕對構(gòu)型要用合適的方法確定,最好還要有生物活性實驗結(jié)果,對讀者和后續(xù)研究提供參考。本文雖然是以ChineseChemicalLetters期刊為例研究了藥物化學(xué)專業(yè)稿件中出現(xiàn)的問題,提出了針對性建議和措施,但是根據(jù)藥物化學(xué)專業(yè)論文的特點,本文研究結(jié)果對提高化學(xué)期刊藥物化學(xué)專業(yè)論文的撰寫質(zhì)量,推動論文及時有效發(fā)表具有借鑒作用。

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